La Fuga: Isaac viveva felice con sua madre finché lei, influenzata da ossessioni religiose, non iniziò a sentire una “voce divina” che le ordinava di sacrificare il figlio per purificarlo dai peccati. Per salvarsi, Isaac si lancia in una botola sotto il tappeto della sua stanza, finendo in un seminterrato labirintico.
Il Viaggio Interiore: Il seminterrato è popolato da mostri orribili, fratelli perduti e demoni che rappresentano le paure e i traumi di Isaac. La sua unica arma sono le sue lacrime, che usa per combattere mentre scende sempre più in profondità.
La Realtà: Molti indizi nel gioco (specialmente nei finali dell’espansione Repentance) suggeriscono che l’intera avventura sia una proiezione dell’immaginazione di Isaac mentre si nasconde nel suo baule dei giocattoli.
Il Significato: La storia esplora il senso di colpa di un bambino che si ritiene responsabile del divorzio dei genitori e che, oppresso da un’educazione religiosa estrema, vede se stesso come un essere malvagio da punire.